甲状腺手术后5天发烧可能是切口感染引起的，也可能是肺部感染引起的，或者是泌尿系统感染引起的，建议及时去正规的医院进行检查，明确病因，对症治疗。

1、如果是切口感染引起的，建议及时去正规的医院清理伤口，在医生指导下使用阿莫西林胶囊、莫匹罗星软膏等药进行治疗。

2、如果是肺部感染引起的，一般是由于细菌感染引起的肺炎，通常会伴有咳痰、咳嗽等症状，建议在医生指导下使用阿莫西林克拉维酸钾分散片、头孢拉定片等药进行治疗，用药谨遵医嘱。

3、如果是泌尿系统感染，一般建议在医生指导下使用盐酸左氧氟沙星胶囊、诺氟沙星胶囊等药进行治疗。

此外，如果患者病情严重，需及时就医诊治，以免延误病情。