坐久了阴囊根部不舒服可能是前列腺炎、睾丸炎或是精索静脉曲张等导致的，具体如下：

1、前列腺炎：前列腺炎主要表现为骶骨疼痛、尿频、尿急、排尿困难、发热等，患者一般可以在医生的指导下口服阿奇霉素、左氧氟沙星、多西环素等进行治疗。

2、睾丸炎：睾丸炎主要表现为阴囊红肿、睾丸疼痛、四肢无力、寒颤、发热等，患者一般可以在医生的指导下口服头孢拉定、阿莫西林、头孢曲松钠等进行治疗。

3、精索静脉曲张：精索静脉曲张主要表现为阴囊坠胀感、阴囊疼痛、睾丸萎缩、神经衰弱等，患者一般可以在医生的指导下口服阿司匹林胶囊、牛黄消炎丸、阿奇霉素胶囊等进行治疗。

除以上相对常见原因外，还有可能是疝气等原因导致的，建议患者及时就医，明确具体发病原因后，予以针对性治疗。