巧克力囊肿打针的副作用一般表现为更年期的症状，比如发热，盗汗，乏力，心慌，心烦意乱等，也会出现闭经的情况。如果症状比较轻，可以选择先不进行特殊的处理，如果症状比较严重且患者难以忍受，那么就需要在医生的指导下反向的添加雌激素孕激素，以达到缓解的效果。

巧克力囊肿又叫卵巢子宫内膜异位症，属于子宫内膜异位症的一种。巧克力囊肿打针治疗指的就是假孕疗法，使用的是用激素药物，是有副作用的。首先打针后会出现闭经，其次有可能导致月经紊乱或者是内分泌紊乱，还有可能引起女性的子宫内膜病变或者是乳房病变，患有巧克力囊肿应该及时到正规的公立医院进行检查治疗。

治疗方面，需要先明确囊肿的大小，如果囊肿比较小，这种情况可以口服药物治疗，常用的有桂枝茯苓丸，或者是散结镇痛胶囊以及孕三烯酮，可以控制巧克力囊肿，但是如果囊肿比较大，口服药物效果可能不是很好，可以选择手术治疗，手术要根据患者是否有生育要求，来决定用什么手术方法，如果患者有生育要求的尽量要保留生育功能。如果没有要求的这种情况一般可以选择子宫切除治疗。同时手术后要注意休息，避免过度劳累。