痔疮手术三年了肛门总不舒服可能是由于肛窦炎、痔疮复发等原因引起的，建议及时到医院进行系统的检查，确认病因，采取相应的治疗方法，具体情况如下：

1. 肛窦炎：一般是指在肛窦、肛门瓣发生的急性、慢性炎症，可能是由于分泌物堵塞、饮食不当等原因引起的，通常会伴有肛门疼痛、坠胀等症状，可以在医生的指导下使用阿莫西林胶囊、麻仁丸等药物进行治疗，如果病情没有缓解或者加重，建议及时到医院就医，遵循医嘱进行治疗。

2. 痔疮复发：是比较常见的现象，可能是由于饮食习惯不当、长时间久坐等原因引起的，通常会伴有肛门肿物，大便出血等症状，可以在医生的指导下使用痔疮栓，迈之灵片等药物进行治疗，如果病情没有缓解或者加重，建议及时到医院就医，遵循医嘱进行治疗。

患者平时注意休息，保持良好的作息时间，不要熬夜，避免久坐，合理改善饮食结构，主要以清淡为主，多吃蔬菜水果，多喝水，忌生冷、油腻、辛辣刺激的食物，忌烟酒，适当运动，增强身体免疫力，注意个人卫生，勤换内裤。