在头顶反方向拨头发发根痛，可能是生理性原因，也可能是头部外伤、毛囊炎等病理性原因造成的，建议明确病因后，遵医嘱对症进行治疗，具体如下：

1.生理性原因:如果头发扎的比较紧，头发长时间的受到牵扯，发根长期处于阳光或冷空气中，可能会造成头皮表皮层，甚至真皮层受损，导致头皮的痛觉敏感度增加。而反向拨动头发，容易刺激到皮肤，出现头皮疼痛。应避免扎头发过紧，出门时注意保暖以及避免暴晒，可以有效避免这种原因造成的疼痛，如果疼痛剧烈可以口服甲钴胺、维生素B1等营养神经的药物。

2.头部外伤：由于外力的作用，可能会对皮肤、帽状腱膜等造成伤害，导致头皮疼痛的出现，在头发逆向拨动时，头皮也会疼痛。如果外伤有破损注意局部的消毒处理，可以遵医嘱用碘伏、红霉素乳膏等，具有消炎的作用，并避免头部沾水。而对于局部红肿的外伤，早期进行冷敷，后期再进行热敷治疗，促进淤血消失，也有助于缓解疼痛。

3、毛囊炎：如果喜欢吃油腻、辛辣刺激性的食物、甜食，或者大量饮酒，均有可能造成头皮的油脂分泌过多，诱发毛囊出现炎症，从而出现头发逆向拨动时头皮疼。需要清淡饮食，避免饮酒，治疗主要外用抗炎药比如莫匹罗星、夫西地酸乳膏等，注意局部清洁。