跑步耳朵痛可能是生理性因素导致的，也可能是中耳炎、鼓膜炎等因素导致的，建议及时到医院就诊，确诊后对症治疗。

1、生理性因素：如果患者跑步的时间过长，那么颈部的血管和肌肉就会高度紧张或是发生痉挛，从而引发颈部以及周围器官的不适。其次当患者跑步的环境过于寒冷时，耳朵部位受到刺激也会出现疼痛感，这些是正常的生理现象，一般在适当休息和温度回暖之后就会恢复正常。

2、中耳炎：主要表现为听力下降、耳朵疼痛、耳道流脓等症状，患者可以在医生指导下使用氧氟沙星滴耳液、头孢地尼分散片、桉柠蒎肠溶软胶囊等药物进行治疗。

3、鼓膜炎：通常会使患者出现耳内剧痛、耳部闷胀等不适，建议在医生指导下使用阿莫西林胶囊、头孢克洛缓释片、盐酸洛美沙星滴耳液等药物进行治疗。

除此之外，上述情况还可能与鼻炎、鼻窦炎、扁桃体炎、腮腺炎等疾病有关，患者应尽快就医检查，及时明确具体病因，以免延误病情。