甲状腺癌基因突变和不突变的区别主要表现为是否可进行靶向药物治疗，具体如下：

1、甲状腺癌基因突变：一般而言，甲状腺癌有基因突变，通常可以考虑选择用靶向药物进行治疗，可在一定程度上提高治疗的疗效。这是因为受检者的癌细胞上存在有特殊的蛋白质，而相应的靶向药物可以跟该特殊的蛋白质相结合，从而可以起到杀灭或控制肿瘤的效果。

2、甲状腺癌基因不突变：如果甲状腺癌基因不突变，一般表明受检患者体内的肿瘤细胞不存在特殊的蛋白质，从而证明了不存在靶向药物结合的位点，无法通过靶向药物治疗。