用手摸到阴囊里面有小石头可能是输尿管结石导致的，也可能是附睾结核或附睾囊肿引起的，建议及时就诊治疗。具体如下：

1、输尿管结石：如果用手摸到阴囊里面有小石头，而且还出现血尿、恶心等症状，可能是输尿管结石所致，可在医生的指导下口服坦索罗辛、别嘌醇等药物进行治疗，另外情况严重时可进行手术治疗。

2、附睾结核：如果患者出现低热、全身无力等症状，可能是由结核杆菌侵入附睾所导致的，这种情况下患者可在医生的指导下进行化疗、附睾切除术等治疗。

3、附睾囊肿：如果患者伴随疼痛、阴囊部坠胀等症状，可能是由精液淤积造成的附睾囊肿所致，可遵医嘱使用布洛芬、对乙酰氨基酚等药物进行治疗。必要时需要通过附睾囊肿切除术等方法进行治疗。

此外，少数情况下用手摸到阴囊里面有小石头还可能的是睾丸肿瘤导致的，患者可出现咳嗽、呼吸困难等症状，建议及时就医检查，排除这种风险。