跑完步嗓子不舒服可能是由于喉炎、气管炎、支气管炎等原因引起的。

1、喉炎：由于病毒、细菌入侵导致喉部粘膜产生炎症，可能会有喉痛、喉痒等症状，可以在医生指导下使用左氧氟沙星片、阿奇霉素片等药物治疗。

2、气管炎：由于过度疲劳、劳累，机体免疫力下降，可能导致病毒、支原体等入侵到气管发生炎症，可能会有咽痛、鼻塞等症状，可以在医生指导下使用阿莫西林胶囊、头孢拉定胶囊等药物治疗。

3、支气管炎：由于粉尘、病毒感染等原因引起的，可能会引起咳嗽、咽痛等症状，可以在医生指导下使用阿莫西林、罗红霉素等药物治疗。

除此之外，还有可能是咽炎、扁桃体炎、会厌炎症等原因，需要患者及时就医。