十二岁男孩睾丸一大一小可能是生理因素引起的，也可能是睾丸炎或睾丸囊肿导致的，一般可通过药物治疗、手术治疗等方式处理。具体如下：

1、生理因素：十二岁男孩阴囊内有两个睾丸以及附睾，双侧睾丸发育不一定完全同步，大小可能会有差别，可以出现十二岁男孩睾丸一大一小的情况。如果触诊睾丸没有疼痛，这种情况不需要特殊处理，对身体一般没有影响。

2、睾丸炎：一般发于一侧，炎症物质刺激周围组织，导致分泌增加，可表现为患侧睾丸肿胀，体积会增大，可表现为十二岁男孩睾丸一大一小。需遵医嘱使用头孢克肟、左氧氟沙星等药物来控制感染，同时要将阴囊托起，有利于肿胀消退。

3、睾丸囊肿：当囊肿发生于一侧睾丸时，可能会表现为患侧睾丸体积增大，部分睾丸囊肿体积较小，患者没有明显症状，也有部分患者由于囊肿体积过大，压迫周围组织，睾丸硬度可能会增加，可出现十二岁男孩睾丸一大一小的情况。确诊后可通过手术将囊肿切除，并送病理明确诊断。

此外，十二岁男孩睾丸一大一小也可能是隐睾症导致的，建议患者及时就诊，明确病因后积极治疗，以免延误病情。