长时间不来月经突然来了颜色是褐色的情况一般可能与怀孕早期症状、异位妊娠、子宫内膜增生等因素有关，应该积极去往医院进行检查。

1、怀孕早期症状：在怀孕初期，有些妇女会出现少量褐色分泌物。这是由于着床后几天，受精卵在子宫壁内着床时，会出现轻微的出血，形成的褐色分泌物，建议患者定期进行孕检。

2、异位妊娠：胚胎不在子宫内着床而发生在输卵管等位置，可能会出现褐色分泌物和腹痛、肩痛等，一般需要选择手术进行腹腔镜手术的治疗。

3、子宫内膜增生：由于内分泌失调等原因，使得子宫内膜增生不规则，导致月经周期变长或不规律。当子宫内膜终于剥落时，可能会出现褐色或暗红色的混合物，需要进行手术治疗，包括刮宫、子宫内膜消融等。

除了上述因素，还可能与子宫内膜炎、子宫腺肌病、子宫内膜癌有关，建议患者积极配合医生进行治疗。