在人体内有益生菌存在，从胃到大肠等消化道都有大量的益生菌，尤其是小肠，更是广泛存在。还有研究认为，小肠中存在的细菌可达400多种，这些细菌实际上处于体内内平衡状态，益生菌与致病菌共存，彼此间可达到平衡状态。痢疾患者经常使用某些益生菌，是因为益生菌在体内的失衡，有多种原因，例如非常虚弱或抗免疫治疗，使用大量的抗菌素，破坏了内平衡，需要外源补充大量的益生菌。事实上，益生菌广泛存在，主要有无致病性大肠杆菌、乳酸菌等。如今市场上的药品中含有大量益生菌，有的含有复方制剂，有的含有死菌，有的含有活菌，这些死菌包括细菌的菌体和代谢物。若活体细菌进入体内，部分可在小肠内繁殖、定殖、定菌，在活体内与致病菌达到新的平衡，因此益生菌仍可用于消化疾病。