宝宝甲流发烧39度退不下来可采取以下治疗方法：药物治疗、物理降温、补充水分、适当散热、及时就医等。

1、药物治疗：

在医生指导下可使用对乙酰氨基酚、布洛芬等退烧药。同时，根据病情，可能需要使用奥司他韦等抗病毒药物进行治疗。

2、物理降温：

可以用温湿毛巾擦拭宝宝的额头、颈部、腋窝、腹股沟等部位，通过水分蒸发带走热量，帮助降温。

3、补充水分：

让宝宝多喝温开水，以防发烧导致脱水，同时也有助于促进新陈代谢，帮助身体散热。

4、适当散热：

不要给宝宝穿过多衣物或盖过厚被子，保证室内空气流通，利于散热。

5、及时就医：

若采取上述措施后体温仍持续不降或宝宝出现精神萎靡、呼吸急促等异常情况，需及时带宝宝就医，以便医生进一步诊断和治疗。

让宝宝多休息，保证充足睡眠。饮食清淡易消化，多吃蔬菜水果。流感高发期避免带宝宝去人员密集场所，注意个人卫生。