一般来说，怀孕40天孕囊大小在0.5-1.0厘米之间。孕囊大小与多种因素有关，如月经周期、受精卵着床时间等。

月经周期对孕囊大小影响较大。月经周期规律（28-30天）的女性，怀孕40天孕囊通常在0.8-1.0厘米。这是因为月经周期正常，排卵时间相对固定，受精卵着床及发育也较为规律。而月经周期较长（35天及以上）的女性，怀孕40天时孕囊可能较小，大约在0.5-0.7厘米。因为其排卵和受孕时间相对较晚，胚胎发育时间也相应缩短，所以孕囊会偏小一些。

受精卵着床时间也会影响孕囊大小。若受精卵着床较早，怀孕40天的孕囊可能接近1.0厘米，若着床较晚，孕囊大小可能接近0.5厘米。

需要注意的是，孕期应保持良好的生活习惯，避免接触有害物质，如化学物质、辐射等。饮食上要保证营养均衡，多摄入富含蛋白质、维生素的食物。同时，要按照医生的要求定期进行产检，密切关注孕囊及胚胎的发育情况，如有异常应及时就医。若出现腹痛、阴道流血等症状，需立即就诊，切不可自行用药。