甲状腺手术后脖子两侧疼可能是甲状腺术后的影响引起的，也可能是局部的炎症反应导致的。需积极前往医院就诊，明确诊断后再进行相应治疗。具体如下：

1、甲状腺术后的影响：通常甲状腺术半年后，患者局部的伤口已经基本恢复，但是局部伤口的神经恢复比较慢。因此，患者可能是因神经的损伤造成脖子两侧疼的症状。通常情况下，再经过一段时间，待局部神经完全恢复后，这一症状可以得到改善，患者无需特别担心。如果疼痛症状较重，患者可以遵医嘱口服止痛药物，如布洛芬、盐酸布桂嗪片等等，可有效缓解症状。

2、局部的炎症反应：通常在甲状腺术后，局部的伤口需要进行缝合，患者的伤口比较薄弱，容易被细菌污染，发生炎症反应，进而导致甲状腺手术后脖子两侧疼。通常需在医生的指导下局部涂抹红霉素软膏、百多邦软膏等药物进行抗感染、消炎治疗，必要时可口服阿莫西林、阿奇霉素等药物治疗。而且有脓肿形成时，还需进行切开引流术等。

此外，日常生活中患者要注意注意，避免劳累，可以多喝水，多吃水果和蔬菜，增强免疫力，促进病情尽快康复。