小便疼痛的原因主要有以下几种：

1、泌尿系统感染，细菌感染导致的炎症会刺激黏膜组织，引起黏膜组织出现破溃、出血等症状。并且患者在排尿时尿液会刺激伤口部位从而导致小便刺痛，并且还往往伴有排尿刺激征，例如尿频、尿急、尿痛等症状。

2、前列腺炎，主要症状和泌尿系统感染类似，但是前列腺炎患者在排尿疼痛的同时还会出现阴部坠胀疼痛等。

3、尿道结石，部分患者的结石能够伴随尿液排出体外，但若是患者的尿道较为狭窄，导致梗阻，也也会导致患者小便疼痛。

4、其它因素：主要有淋病、非淋性尿道炎、生殖器疱疹、尖锐湿疣、滴虫病、梅毒等疾病，以上疾病均可导致小便疼痛，需要患者及时进行检查。