扁桃体发炎舌头根部疼，可能是扁桃体炎、舌炎等造成的，建议明确病因后，在医生的指导下，对症使用相关药物进行治疗，具体如下：

1.扁桃体炎：扁桃体炎分为慢性扁桃体炎和急性扁桃体炎。慢性扁桃体炎的症状主要有咽痛、咽喉干燥、咽痒、异物感、刺激性咳嗽等。急性扁桃体炎的主要症状为剧烈咽痛，常放射至耳部，伴有吞咽困难，还可能会有畏寒、发热、头痛、食欲下降等。治疗上需要进行系统规范的抗生素抗感染治疗，常见药物如阿莫西林、头孢克洛等，如果符合手术治疗指征的，可以考虑进行手术治疗，治疗期间注意休息，清淡饮食。

2.舌炎：症状一般包括舌乳头萎缩、舌乳头增生或者出现黏膜充血、发红，表面可能会出现剥脱样的红斑，也有可能出现烧灼感、疼痛感等。另外，有可能会伴发真菌性的感染。出现这些症状时，可以使用3%-5%的碳酸氢钠、0.05%的氯己定含漱液等控制感染。如果舌体出现裂纹或者剥脱性的红斑，也可以进行手术治疗。建议平时多吃新鲜蔬菜和水果，保证良好的心理健康，可以适当补充复合性维生素和叶酸。