半夜醒来喉咙痛，可能是感冒、扁桃体炎等引起的，建议去医院就诊，查明原因，在医生的指导下治疗，具体如下：

1.感冒一般由受凉，过度劳累等原因引起。可以在医生的指导下，选择使用阿司匹林、氨咖黄敏胶囊等药物减轻症状；也可以多补充维生素C和维生素E来增强机体的抵抗力。建议平时多休息，多喝水，饮食要清淡，易消化的饮食为主，不要吃辛辣、刺激性的食物。

2.扁桃体炎，可以使用复方硼砂溶液、呋喃西林溶液等止痛消毒，缓解症状；如果是病毒导致的，一般无需药物治疗，注意休息，多饮用温水，进流食，加强营养即可；如果是细菌感染导致的，建议在医生的指导下，应用抗生素来消炎，如阿莫西林、罗红霉素胶囊等，用药后一定要多喝水，促进药物的吸收与代谢，同时使用中成药清热解毒降火，比如蒲地蓝口服液、双黄连口服液等。