12岁男孩小便会疼一般可能是由于包茎、尿道损伤或是尿道炎等原因引起的，具体如下：

1、包茎，如果男孩包皮过长，不注意清洁卫生的话，会导致出现包皮垢，从而滋生细菌，造成细菌感染，排尿的时候在炎症的刺激下会出现疼痛感。

2、尿道损伤，如果男孩在大闹中误伤了阴茎，在排尿的过程中，受损部位受到尿液的刺激，就会引起小便疼痛，可能还伴有轻度出血以及肿胀的症状。

3、尿道炎，如果男孩不注意阴部的清洁卫生，可能导致出现尿道炎，从而会出现尿频、尿急、尿痛的现象。

另外还有可能是尿道结石所致，建议患者及时查明原因，然后积极对症治疗。