通常情况下，甲基异噻唑啉酮对头发无害。但建议患者不可以私自使用甲基异噻唑啉酮，以免出现严重的不良反应。甲基异噻唑啉酮主要起杀菌和防腐作用，应用广泛。甲基异噻唑啉酮是一种高效杀菌剂，是异噻唑啉酮的衍生物，但其毒性弱于其他类似衍生物。其疗效持久且相对安全，能有效抑制真菌、细菌和霉菌的生长。一般而言，甲基异噻唑啉酮可用于化妆品和个人护理产品，但用量特别低，所以对皮肤不会有很大影响。

但若产品含有的甲基异噻唑啉酮含量超标，或使用频繁可能会导致接触量增加，大量杀灭头皮各种菌群，使头皮菌群紊乱，失去正常保护，易对毛囊形成一定的刺激，长期使用可能会引起脱发的现象。所以不建议长期使用含甲基异噻唑啉酮成分的洗发水。