一般情况下，百令胶囊和金水宝胶囊治疗效果相当，无好坏之分。百令胶囊和金水宝胶囊都是中药制剂，具有治疗肺肾两虚、精气不足等病症的功效。虽然它们都有补肾、益气、调节免疫力的作用，但成分、主治病症等方面存在一定的差异。

百令胶囊的主要成分是灵芝孢子粉和西洋参，具有调节免疫力、补肾益气等作用。金水宝胶囊的主要成分是冬虫夏草发酵菌粉，具有补益肺肾、秘精益气的作用。百令胶囊是处方药，需医生开处方才能购买。金水宝胶囊是非处方药，可以自行购买。百令胶囊和金水宝胶囊的副作用均较小，但个体差异可能导致不同反应。

综上所述，百令胶囊和金水宝胶囊有一定的差异。具体哪个更好取决于患者的病情和个体差异。建议在医生指导下选择适合的药物。如果对这两种药物有疑虑，可以咨询专业医生，选择合适的治疗方案。