温州医学院附属第二医院的前身是始建于1976年的温州医学院白求恩门诊部，1982年批准改建为温州医学院附属第二医院，1988年挂牌“儿童医院”。分设平阳分院、大荆分院、洞头分院、江南分院和青田分院，是浙江省属三级甲等综合性医院。其中占地面积为17万平方米的瑶溪院区、以及占地面积为16万平方米的瓯江口院区、占地面积为5.1万平方米的台州妇产科儿童院区正在兴建当中。

　　医院儿童呼吸科被评为国家临床重点专科;康复医学被评为国家中医药管理局学科;麻醉学、骨外科学、儿科学、妇产科学被评为省临床医学一流学科;儿科学、麻醉学被评为省高校重点扶植学科和重点专科;妇科肿瘤学、麻醉学、骨外科学、心脏发育、心血管疾病整合医学、生殖遗传创新团队被评为温州市重点科技创新团队。此外医院还拥有1个省高校创新团队、12个省医学重点学科、8个省中医药管理局学科、5个温州市重点实验室、18个校级研究院所。